Wydawało się, że nic gorszego już nie może się wydarzyć. Jednak 17 września 1939 roku rozpoczął się następny rozdział polskiej tragedii. Nie zważając na cztery pozostające w mocy porozumienia międzynarodowe: tzw. traktat ryski o granicy polsko-radzieckiej z 1921 roku, protokół Litwinowa o wyrzeczeniu się wojny jako środka rozwiązywania sporów z 1929 roku, pakt o nieagresji zawarty z Polską w 1932 roku oraz konwencję londyńską o definicji agresora z 1933 roku, wojska radzieckie wkroczyły na terytorium Rzeczpospolitej. Agresja ZSRR nie była w żaden sposób sprowokowana działaniami Polski, co więcej w świetle obowiązujących umów miała charakter wręcz niedorzeczny. Zwłaszcza, że jeszcze 14 września 1939 roku minister spraw zagranicznych - Józef Beck wysłał do Stalina specjalną misję handlową, która miała za zadanie zakupić materiały wojennych dla walczących armii polskich. Na mocy układu Podjęte działania wojenne nie były jednak przypadkowe. Stanowiły bowiem realizację Układu Ribbentrop - Mołotow zawartego 23 sierpnia 1939 roku. Jako pretekst posłużył argument o ustaniu samodzielnego bytu państwowego i opuszczenia terytorium Polski przez jej władze, a także konieczność ochrony mniejszości narodowych zamieszkujących jej wschodnie terytoria. Ten ostatni argument został zresztą stosunkowo szybko odrzucony, głównie wskutek nacisków ze strony Berlina wyrażanych m.in. za pośrednictwem niemieckiego ambasadora Schuleburga, dla którego rezygnacja z pierwotnego tekstu noty o niebezpieczeństwach grożących Białorusinom i Ukraińcom ze strony Niemców, stała się zadaniem priorytetowym. Uczyniono to, choć pertraktacje były trudne ze względu na specyficzną subtelność rozbieżności, co wynika z korespondencji prowadzonej pomiędzy stronami. Schulenburg pisał w depeszy do Ribbentropa m.in.: "Mołotow zgodził się z tym, że planowany przez rząd radziecki pretekst zawierał nutę obrażającą uczucia Niemców, ale prosił, by, zważywszy na trudną dla rządu radzieckiego sytuację, nie pozwalać na to, aby takie drobiazgi stawały na naszej drodze". "Misja humanitarna" Ulegając naciskom niemieckim, Stalin zgodził się na modyfikację tekstu noty, podpisanego przez komisarza ludowego spraw zagranicznych Wiaczesława Mołotowa, który w swej pierwotnej wersji brzmiał: "Wojna polsko-niemiecka ujawniła wewnętrzne bankructwo państwa polskiego. W ciągu dziesięciu dni operacji wojennych Polska utraciła wszystkie swoje regiony przemysłowe i ośrodki kulturalne. Warszawa przestała istnieć jako stolica Polski. Rząd polski rozpadł się i nie przejawia żadnych oznak życia. Oznacza to, iż państwo polskie i jego rząd faktycznie przestały istnieć. Wskutek tego traktaty zawarte między ZSRR a Polską utraciły swą moc. Pozostawiona sobie samej i pozbawiona kierownictwa, Polska stała się wygodnym polem działania dla wszelkich poczynań i prób zaskoczenia, mogących zagrozić ZSRR. Dlatego też rząd radziecki, który zachowywał dotąd neutralność, nie może pozostać dłużej neutralnym w obliczu tych faktów. Rząd radziecki nie może również pozostać obojętnym w chwili, gdy bracia tej samej krwi, Ukraińcy i Białorusini, zamieszkujący na terytorium Polski i pozostawieni swemu losowi, znajdują się bez żadnej obrony. Biorąc pod uwagę tę sytuację, rząd radziecki wydał rozkazy naczelnemu dowództwu Armii Czerwonej, aby jej oddziały przekroczyły granicę i wzięły pod obronę życie i mienie ludności zachodniej Ukrainy i zachodniej Białorusi. Rząd radziecki zamierza jednocześnie podjąć wszelkie wysiłki, aby uwolnić lud polski od nieszczęsnej wojny, w którą wpędzili go nierozsądni przywódcy, i dać mu możliwość egzystencji w warunkach pokojowych." 17 września 1939 roku pomiędzy 2 a 3 w nocy wezwany pilnie do Komisariatu Spraw Zagranicznych w Moskwie ambasador Rzeczypospolitej Wacław Grzybowski odmówił przyjęcia niniejszej noty. Mimo to, w tym samym niemal czasie bo już o godzinie 4 w nocy, dwa rosyjskie fronty - Białoruski i Ukraiński, mające w swoim składzie siedem armii, liczących w pierwszej linii według szacunkowych liczb od 600 tysięcy do 1 miliona żołnierzy uderzyły na polską granicę wschodnią. Armia radziecka miała ułatwione zadanie. Z jednej strony dlatego, iż zadziałał element zaskoczenia, w związku z czym słaby opór stawiły jedynie jednostki Korpusu Ochrony Pogranicza oraz nieliczne oddziały wojskowe liczące w sumie około 30 tysięcy żołnierzy. Z drugiej zaś dlatego, iż polskie jednostki obowiązywała dyrektywa nakazująca unikania w miarę możliwości starć z Armią Czerwoną. Tzw. Dyrektywa Ogólna Wodza Naczelnego, Marszałka Rydza-Śmigłego brzmiała jednoznacznie: "Sowiety wkroczyły. Nakazuję ogólne wycofanie na Rumunię i Węgry najkrótszymi drogami. Z bolszewikami nie walczyć, chyba w razie natarcia z ich strony lub próby rozbrojenia oddziałów. Zadanie Warszawy i miast, które miały się bronić przed Niemcami - bez zmian. Miasta do których podejdą bolszewicy, powinny z nimi pertraktować w sprawie wyjścia garnizonów do Węgier lub Rumunii." Na korzyść wschodniego agresora działały także powszechna dezinformacja oraz trudności komunikacyjne pomiędzy walczącymi frontami. Równocześnie Rosjanie rozpoczęto ostrą akcję propagandową. W radzieckiej ulotce propagandowej podpisana przez Komandarma Michaiła Kowalowa, można było przeczytać (pisownia oryginalna): "Rzołnierze Armii Polskiej! Pańsko-burżuazyjny Rząd Polski, wciągnąwszy Was w awanturystyczną wojnę, pozornie przewaliło się. Ono okazało się bezsilnym rządzić krajem i zorganizować obronu. Ministrzy i gienierałowie, schwycili nagrabione imi złoto, tchórzliwie uciekli, pozostawiają armię i cały lud Polski na wolę losu. Armia Polska pocierpiela surową porażkę, od którego ona nie oprawić wstanie się. Wam, waszym żonom, dzieciam, braciam i siostram ugraża głodna śmierć i zniszczenie. W te ciężkie dni dla Was potężny Związek Radziecki wyciąga Wam ręce braterskiej pomocy. Nie przeciwcie się Robotnicz-Chłopskiej Armii Czerwonej. Wasze przeciewinienie bez kożyści i przerzeczona na całą zgubę. My idziemy do Was nie jako zdobywcy, a jak wasi bracia po klasu, jako wasi wyzwoleńcy od ucisku obszarników i kapitalistów. Wielka i niezwalczona Armia Czerwona niesie na swoich sztandarach pracującym, braterswo i szczęśliwe życie. Rzołnierze Armii Polskiej! Nie proliwacie daremnie krwi za cudze interesy obszarników i kapitalistów. Was przymuszają uciskać białorusinów, ukraińców. Rządzące kole polskie sieją narodową rużność między polakami, białorusinami i ukraińcami. Pamiętajcie! Nie może być swobodny naród, uciskające drugie narody. Pracujące białorusini i ukraińcy - Wasi pracujące, a nie wrogi. Razem z nimi budujcie szczęśliwe, dorobkowe życie. Rzucajcie broń. Przechodźcie na stronę Armii Czerwonej. Wam zabezpieczona swoboda i szczęśliwe życie."

Przyjęta przez Stalina interpretacja pojęcia działań wojennych oraz późniejsze anektowanie ziem polskich nosiło więc znamiona swoistego aktu humanitarnego, podjętego w imię miejscowej ludności. Dramatyzm położenia walczących Polaków zwiększało również rozproszenie i rozbicie poszczególnych oddziałów wojskowych. Jednocześnie bowiem toczyła się walką nad Bzurą, bronił się Lwów, walczyła Warszawa, Modlin i Hel, podejmowano próby organizacji obrony na "przedmościu rumuńskim." Obradujący w Kołomyi, a następnie w Kutach rząd polski orzekł "bezsilność wobec połączonych sił niemieckich i radzieckich." W obliczu dramatycznego obrotu działań wojennych, Wódz Naczelny Edward Rydz- Śmigły po konsultacjach z premierem Sławoj - Składkowskim, nakazał natychmiastowe wycofanie wojsk oraz ocalałego sprzętu na terytorium Rumunii i Węgier. Tym samym w nocy z 17 na 18 września władze RP przekroczyły granicę rumuńską. Ogółem do Rumunii, na Węgry, Litwę i Łotwę przedostało się w przybliżeniu 83 tysiące żołnierzy i oficerów polskich. W kraju nadal walczono. Parę dni później nie było już jednak nadziei. W walkach pod Tomaszowem Lubelskim w dniach 18-20 września rozbito front środkowy. W tzw. drugiej bitwie pod Tomaszowem - 23 września wojska frontu północnego zostały pokonane przez oddziały niemieckie od strony zachodniej oraz radzieckie od strony wschodniej. 22 września poddał się Lwów zajęty przez Rosjan. Jeszcze prawie tydzień, bo do 28 września broniła się Warszawa. 2 października skapitulowała załoga Helu. Samodzielna Grupa Operacyjna "Polesie" walczyła do 5 października. Żołnierze pod dowództwem generała Kleeberga, spieszący na odsiecz walczącej Warszawie, w okolicach Kocka podjęli walkę ze znacznymi siłami niemieckimi, ale włączenie do akcji lotnictwa i wojsk pancernych ZSRR oraz brak amunicji, skłoniły ich do złożenia broni. Najdłużej, bo do czerwca 1940 r. bronił się oddział kawalerii dowodzony przez majora Dobrzańskiego. Musieli się poddać Ostatni rozkaz Wodza Naczelnego, Marszałka Rydza-Śmigłego ogłoszony w dniu 20 września 1939 roku na obszarze Rumunii - nie mógł więc brzmieć inaczej: "Żołnierze! Najazd bolszewicki na Polskę nastąpił w czasie wykonywania przez nasze wojska manewru, którego celem było skoncentrowanie w południowo-wschodniej części Polski tak, by mając do otrzymania zaopatrzenia i materiału wojennego komunikację i łączność przez Rumunię z Francją i Anglią móc dalej prowadzić wojnę. Najazd bolszewicki uniemożliwił wykonanie tego planu. Wszystkie nasze wojska zdolne do walki były związane działaniem przeciwko Niemcom. Uważałem, że w tej sytuacji obowiązkiem moim jest uniknąć bezcelowego rozlewu krwi w walce z bolszewikami i ratować to, co się da uratować. Strzały oddane przez KOP do bolszewików przekraczających granicę stwierdziły, że nie oddajemy naszego terytorium dobrowolnie. A ponieważ w pierwszym dniu bolszewicy do naszych oddziałów nie strzelali, ani też ich nie rozbrajali, więc sądziłem, że możliwym będzie przez pewien czas wycofać dość dużo wojska na terytorium Węgier i Rumunii. A chciałem to zrobić w tym celu, by móc Was następnie przewieźć do Francji i tam organizować Armię Polską. Chodziło mi o to, by polski żołnierz brał w dalszym ciągu udział w wojnie i by przy zwycięskim zakończeniu wojny istniała Armia Polska, która by reprezentowała Polskę i Jej interesy. O tym najważniejszym dziś celu musicie pamiętać. Choćby warunki Waszego życia były najcięższe, musicie trwać, nie zapominając, że jesteście żołnierzami, których obowiązuje dyscyplina i honor żołnierski. Ci, którzy, ulegając słabości ducha albo podszeptom obcych agentów, sieją wśród Was zwątpienie i chcą w Wasze szeregi wprowadzić rozprężenie - ci ludzie są na usługach wroga. Trzeba zacisnąć zęby i przetrwać. Położenie się zmieni, wojna jeszcze trwa. Będziecie jeszcze bić się za Polskę i wrócicie do Polski przynosząc Jej zwycięstwo. " Przez kilkadziesiąt lat radziecki atak na Polskę z 17 września 1939 r. oceniany był w naszym kraju zgodnie z interpretacja przedstawioną przez "wielkiego brata". Oficjalnie przyjmowano więc, iż Armia Czerwona przybyła do Polski chronić ludność opuszczoną przez sanacyjny rząd. Nadal większość rosyjskich historyków i politologów nie zgadza się z interpretacją zakładającą współudział Hitlera i Stalina w ataku na Polskę, który rozpoczął II wojnę światową. Inaczej fakty te są też komentowane na Ukrainie i Białorusi, gdzie mówi się raczej o zjednoczeniu białoruskich i ukraińskich ziem.