Urodził się w Szczepanowie prawdopodobnie ok. 1030 r. Niewykluczone, że odbył studia za granicą. Święcenia kapłańskie otrzymał ok. roku 1060. Po śmierci biskupa krakowskiego Lamberta, w 1070 r., Stanisław został wybrany jego następcą. O jego działalności duszpasterskiej wiemy niewiele. Jego wielka zasługą była interwencja u papieża Grzegorza VII dzięki której udało się wyjednać wskrzeszenie metropolii gnieźnieńskiej. W ten sposób raz na zawsze ustały automatycznie pretensje metropolii magdeburskiej do zwierzchnictwa nad diecezjami polskimi.

Jakie były okoliczności jego zatargu z królem Bolesławem Śmiałym? – dokładnie nie wiemy. Według tradycji jego przyczyną było okrucieństwo króla i bezskuteczne upomnienia ze strony biskupa. Ostatecznie władca postanowił zamordować Stanisława. Miał to uczynić osobiście 11 kwietnia 1079 r. na Skałce, podczas Mszy św., którą odprawiał biskup. Następnie ciało zamordowanego zostało poćwiartowane. Na wieść o ohydnym mordzie poddani stanęli przeciw swemu władcy, który musiał udać się na banicję. Mimo istniejącego kultu kanonizacja odbyła się dopiero 8 września 1253 r. Warto wspomnieć, że proces św. Stanisława był pierwszym, podczas którego wprowadzono instytucję oskarżyciela zwanego potocznie „adwokatem diabła”.